Урология стала первым хирургическим отделением тогда ещё МСЧ-10, а организовал и возглавил его легендарный омский уролог Евгений Павлович Крикорьянц.
Основное направление работы - лечение воспалительных заболеваний почек и мочеполовой системы. А фирменным стилем нового подразделения стало внедрение в омскую урологию новых технологий. Развитие получили реконструктивная хирургия и пункциональное лечение почек.
С 1993 года в отделении проводится диагностика и лечение мужского бесплодия, а также лечение эректильных дисфункций.
С 2003 по 2010 год заведовал отделением урологии Дмитрий Геннадьевич Макушин.
Сегодня отделение возглавляет врач-уролог высшей категории, к.м.н. Евгений Викторович Репин. А главной особенностью урологии КМХЦ являются малотравматичные вмешательства.
За год в отделении проходит лечение около 1000 больных и выполняется больше 500 операций.